19 декабря 1945 года вышло Постановление СНК СССР № 3117-937сс «О 9-м Управлении НКВД СССР»

Так было создано самостоятельное структурное подразделение центрального аппарата НКВД для решения задач советского атомного проекта.

В составе НКВД СССР было создано Управление специальных институтов (9-е Управление НКВД). В ведение Управления передавались лаборатории «А» и «Г», переименованные в институты «А» и «Г» НКВД. Организовывался институт «Б» в его состав включали немецких специалистов, которых нельзя было отправить в другие институты. Была организована лаборатория «В» с использованием в ней заключенных – советских и немецких специалистов, подлежащих изоляции.

История, закончившаяся созданием Управления, началась с постановления ГКО от 8 декабря 1944 года «О мероприятиях по обеспечению развития добычи и переработки урановых руд». НКВД передали разведку, добычу и переработку урановых руд из Наркомцветмета. Для этого в составе Главного управления лагерей горно-металлургических предприятий НКВД было создано управление по урану, а в Москве НИИ «Институт специальных металлов НКВД».

Сразу после окончания Великой Отечественной войны была сформирована специальная группа НКВД в Германии по вывозу сырья и оборудования для советского атомного проекта. В период с 1 сентября по 10 декабря 1945 необходимое оборудование было демонтировано и вывезено в СССР в 219 вагонах под охраной.

20 августа 1945 года при ГКО создается специальный комитет во главе Л. П. Берией и образуется 1-е Главное управление при СНК СССР (начальник генерал-полковник Б. Л. Ванников), которые руководят всеми работами, связанными с ураном. Однако после постановления от 19 декабря 1945 года все работы переданы в НКВД. Начальником 9-го управления НКВД СССР был назначен заместитель наркома генерал-лейтенант А. П. Завенягин, а с 13 марта 1946 года – А. И. Лейпунский.

Работы, которые вело 9-е управление и его предшественники, в конечном итоге привели к созданию советской атомной бомбы и развитию мирных атомных программ.