16 июля 1941 года вышел Указ Президиума Верховного Совета СССР «О реорганизации органов политической пропаганды и введении института военных комиссаров в РККА»

Великую Отечественную войну Красная Армия и Военно-Морской Флот СССР встретили без комиссаров, сохранились лишь старые наименования званий политработников – батальонный комиссар, полковой комиссар и т.д. Поражения начального периода войны заставили руководство Советского Союза вернуться к практике политического контроля за командирами, использовавшейся в гражданскую войну 1918–1922 гг. Показательно, что институт комиссаров был восстановлен в один день с принятием постановления ГКО № 169сс «Об аресте и предании суду военного трибунала бывшего командующего Западным фронтом генерала армии Павлова Д. Г. и других».

Комиссары разделяли с командирами их ответственность за исход боевых действий и права командования. К их задачам были отнесены вопросы не только политического контроля, агитации и пропаганды, но и обеспечения повседневной службы частей и подразделений, бесперебойного функционирования узлов и линий связи, питания и обмундирования личного состава, помощи раненым и др., а также работа с военнопленными. Хороший комиссар во все времена не мешал своему командиру, видя своей главной задачей повышение политико-морального состояния военнослужащих, укрепление воинской дисциплины, предоставляя тем самым ему возможность успешно вести боевые действия.

Комиссары в Красной Армии появились в 1918 году, когда при создании армии рабочих и крестьян на командные должности большевики вынуждены были привлекать царских офицеров, так как обученных военных кадров рабоче-крестьянского происхождения попросту не было. Военспецы, составлявшие в это время около 75% командного состава Красной Армии, далеко не всегда были надежны, и неоднократно были случаи их предательства, перехода на сторону белогвардейцев. Поэтому в РККА появились комиссары. Их главной задачей был надзор за командованием, второй функцией была политическая воспитательная работа. Создание института комиссаров явилось вынужденной мерой и в целом сыграло важнейшую роль в укреплении боеспособности Красной Армии.

2 марта 1925 года в тех частях, которыми командовали командиры-коммунисты должность комиссара была отменена. 10 мая 1937 года институт военных комиссаров был снова введен во всех воинских частях, но уже 12 августа 1940 года единоначалие в армии было восстановлено, комиссары опять были упразднены.

Великая Отечественная война потребовала мобилизации всех ресурсов и введения жестких мер по контролю за моральным состоянием бойцов и дисциплиной в войсках. В июле 1941 года для укомплектования должностей военных комиссаров было мобилизовано 27 тыс. партийных работников, а до ноября месяца – еще 20 тыс.

9 октября 1942 года, когда Красная Армия научилась стойко обороняться и проводить мощные наступательные операции, от института комиссаров отказались окончательно.

В годы войны комиссары и политработники внесли огромный вклад в сохранение боеспособности армии, зачастую заменяя убитых командиров, они личным примером поднимали бойцов в атаку. Около 80% политруков рот и 50% политруков батальонов пали в боях, более 400 политработников были удостоены звания Героя Советского Союза.